• 软件安装及测试
  • 环境配置
  • 安装方法
  • 测试

介绍

InterProScan 是个基因注释工具，可以同时得到多种数据库的注释结果，描述蛋白属于的家族，及其包含的结构域和作用位点。

仓库地址

https://github.com/ebi-pf-team/interproscan

文档

https://interproscan-docs.readthedocs.io/en/latest

软件安装及测试

环境配置

软件需求

1. 64位linux
2. Perl5
3. python3
4. JDK 11

使用centos8的镜像

更新yum源：

 wget -O /etc/yum.repos.d/CentOS-Base.repo https://repo.huaweicloud.com/repository/conf/CentOS-8-reg.repo
yum makecache

安装python3和perl

yum install python3 perl -y

安装JDK11

确认环境中无java， 有的话清除原有java

1. rpm -qa | grep java
2. 依次卸载包：rpm -e --nodeps "package_name"

cd /opt/
wget https://repo.huaweicloud.com/openjdk/11.0.1/openjdk-11.0.1_linux-x64_bin.tar.gz
tar -zxf openjdk-11.0.1_linux-x64_bin.tar.gz 
rm -f openjdk-11.0.1_linux-x64_bin.tar.gz

配置JAVA环境 在 /etc/profile中加入：

export JAVA_HOME=/opt/jdk-11.0.1

export CLASSPATH=$:CLASSPATH:$JAVA_HOME/lib/

export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

其它的可能问题

loading shared libraries: libgomp.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory

安装如下依赖并配置共享库

yum install libnsl.x86_64 libgomp
ldconfig

安装方法

下载软件

mkdir my_interproscan
cd my_interproscan
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.61-93.0/interproscan-5.61-93.0-64-bit.tar.gz
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.61-93.0/interproscan-5.61-93.0-64-bit.tar.gz.md5

md5校验通过后解压

tar -pxvzf interproscan-5.61-93.0-*-bit.tar.gz

对hmm模型建索引

python3 setup.py -f interproscan.properties

以前版本的 InterProScan 需要单独安装 Panther 数据。从 InterProScan 5.47-82.0 开始，Panther 数据与软件数据捆绑在一起。

使用Local Pre-calculated Match Lookup Service (Optional)

预先计算的匹配查找 Web 服务能够为超过 5 亿个蛋白质序列提供匹配，包括 UniProtKB 中的所有序列。

默认情况下，InterProScan 配置（在 interproscan.properties 文件中）使用托管在 EBI 的网络服务。服务器需要具有对http://www.ebi.ac.uk 的外部访问权限才能使用它。

InterProScan 使用此服务来检索预先计算的匹配项，从而减少对服务器计算的需求并加快响应时间。

关闭该服务： 分析时添加 -dp 参数或编辑interproscan.properties并注释掉对应行

precalculated.match.lookup.service.url=http://www.ebi.ac.uk/interpro/match-lookup

测试

软件提供了一个测试用蛋白质文件test_all_appl.fasta

分别测试与ebi联网和不联网时候的计算用时和结果

./interproscan.sh -i test_all_appl.fasta -f tsv -dp
./interproscan.sh -i test_all_appl.fasta -f tsv

	无 db 参数（联网）	有 db 参数(不联网)
real	0m54.901s	2m13.112s
user	1m54.784s	5m46.940s
sys	0m11.747s	0m43.612s

测试用数据得到的注释结果无区别