用户使用
BioNote 2021-10-18
SGE
Computing Cluster
# 参考
http://www.chenlianfu.com/?p=2441
# 使用qsub提交作业
qsub简单示例:
qsub -cwd -l "p=1,vf=1g" -q all.q run.sh
参数:
-V
将当前shell中的环境变量输出到本次提交的任务中。
-cwd
在当前工作目录下运行程序。默认设置下,程序的运行目录是当前用户在其计算节点的家目录。
-l
指定资源参数。
-o
将标准输出添加到指定文件尾部。默认输出文件名是$job_name.o$job_id。
-e
将标准错误输出添加到指定文件尾部。默认输出文件名是$job_name.e$job_id。
-q
指定投递的队列,若不指定,则会尝试寻找最小负荷且有权限的队列开始任务。
-N
设置任务名称。默认的job name为qsub的输入文件名。
-p
设置任务优先级。其参数值范围为 -1023 ~ 1024 ,该值越高,越优先运行。但是该参数设置为正数需要较高的权限,系统普通用户不能设置为正数。
-j y|n
设置是否将标准输出和标准错误输出流合并到 -o 参数结果中。
-pe
设置并行化环境。
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
# 查看任务状态
qstat -f
查看当前用户在当前节点提交的所有任务,任务的状态有4中情况:qw,等待状态,刚提交任务的时候是该状态,一旦有计算资源了会马上运行;hqw,该任务依赖于其它正在运行的job,待前面的job执行完毕后再开始运行,qsub提交任务的时候使用-hold_jid参数则会是该状态;Eqw,投递任务出错;r,任务正在运行;s,被暂时挂起,往往是由于优先级更高的任务抢占了资源;dr,节点挂掉后,删除任务就会出现这个状态,只有节点重启后,任务才会消失。
qstat -j jobID
按照任务id查看
qstat -u user
按照用户查看
1
2
3
4
5
6
7
8
2
3
4
5
6
7
8
# 删除任务
qdel -j jobID
删除任务
1
2
2